1、在犯罪主體的認定上

　　根據最高檢1988年的司法解釋“無照施工經營者在施工過程中強令從業人員違章冒險作業造成重大傷亡事故的，可以構成重大責任事故罪的犯罪主體”，但是從非法小煤窯的人員構成來看，生產從業人員均系經營者或系合伙人，不存在其它經營者強令其違章冒險作業的情形，在經營者不存在施加壓力的情況下，發生事故，將難以處理。另外1997年刑法修改以前只規定有重大責任事故罪，雖然最高檢于1988年3月18日下發了《關于無照施工經營者能否構成重大責任事故罪主體的批復》已明確指出“無照施工經營者在施工過程中強令從業人員違章冒險作業，造成重大傷亡事故的，可以構成重大責任事故罪主體”，但此司法解釋系刑法修改以前下發，針對的是1997年刑法的重大責任事故罪，目前新刑法已從重大責任事故罪分離出重大勞動安全事故罪，那么此司法解釋是否可適用于現已修訂的刑法，目前尚不明確。再次，對于煤礦經營者不懂操作規程在現場瞎指揮，造成事故如何處理的值得探討。而且操作者是服從經營者的命令作了違反規定制度的行為，能否作為134刑法條的犯罪主體也是值得探討的。
　　按照《刑法》135條的規定重大勞動安全事故罪的主體是直接責任人員，但何為直接責任人員，法律未作詳細規定，在司法實踐中對直接責任人員一般認定為主管勞動安全保護工作的人員以及直接負責勞動安全的人員，然而由于煤礦企業分工的不規范，不明確，遇到具體個案時對直接責任人員的認定經常出現分歧。

　　2、在事故責任的區分和評估鑒定的程序上

　　重大責任事故在客觀方面表現為(1)行為人必須具有違反規章制度或者強令工人違章冒險作業的行為；(2)行為人違反規章制度的行為發生在生產過程中并與生產有直接聯系；(3)行為人違反規章制度的行為引起了重大傷亡事故，造成嚴重后果。重大勞動安全事故的客觀特征：(1)勞動設施不符合國家規定；(2)經有關部門或單位職工提出后仍不對事故隱患采取措施；(3)不采取措施與重大責任事故之間有著客觀的因果關系；(4)發生重大傷亡事故或其他嚴重后果。明確規定客觀構成要件，有利于區分罪責、便于操作，但對于我省貧困地區的個體經營煤礦和無照非法小煤窯而言，因其設備簡陋，缺乏技術、無證上崗存在眾多安全隱患，事故一旦發生，責任難于分清，況且誘發事故的直接原因發生在哪一個環節，是何原因所引起，此問題是非常專業的技術問題，需要由專門的機構鑒定。目前，公安機關偵查人員沒有這方面的專業技術知識和資質，井下的情況完全交由以省地質礦產主管部門人員組成的事故調查組，而調查組成員調查的原因與公安偵查的原因一旦有出入，案件則有可能擱淺。另處，在非法采礦罪和破壞礦產資源罪的相關司法解釋中均已明確規定由省級地質礦產主管部門作出鑒定其數額和破壞性的方法，確認了省級地質礦產主管部門具有的資質，但針對重大責任事故罪和重大勞動安全事故罪未有明確的法律或司法解釋規定何部門具有資質。

　　3、在罪種的定性和罪與非罪的判斷上

　　重大勞動安全事故罪和重大責任事故罪是處理煤礦開采作業造成傷亡事故或其他嚴重后果的兩個主要罪種，但在實踐中如何準確界定罪名，把握犯罪，存在一定的困難，例如：李某承包某礦的二煤建造風井，同時聘請無證人員上崗，使用不符合規范的化纖風筒等設施，在采煤過程中瓦斯三對口極不健全，上述情形被主管部門發現后責令其停產整改，但李某未停產而是違規安排工人下井作業，繼續開采原煤，后因瓦斯濃度偏高，通風不暢，瓦檢員未檢測瓦斯，工人在井下作業時發生火花引發瓦斯爆炸重大傷亡事故。對本案的定性存在兩種觀點，一是認為李某應定重大責任事故罪，因其在客觀上已具有了違反規章制度的行為；二是認為李某應定重大勞動安全事故罪，李某在客觀上因其設施不符規定，并經主管部門提出，但其置若罔聞，對事故隱患不采取措施，發生事故，故應定本罪。筆者認為李某在本案中屬于一種行為觸犯兩種不同的罪名系牽連犯，應從一重處斷，但兩罪在刑罰上的量刑幅度相同，故在具體辦案中無從選擇，如系違反規章制度在造成瓦斯爆炸中占主導原因則應定重大責任事故，如因設施不健全在造成瓦斯爆炸中占主導地位應定重大勞動安全事故罪，但是囿于條件的限制，有時也難于作出科學的結論，在處理時，此罪與彼罪定性難。